Созданный для истребителей колиматорный прицел Revi 12 был хуже стандартного бомбардировочного Lotfe 7, но и с ним с малых высот точность бомбометания у вышколенных экипажей FW 200С достигала 50%. В августе-октябре 1940 г. пилоты «кондоров» топили по два судна в месяц, а в ноябре они пустили на дно пять, к концу года уничтожив 14 транспортов, вспомогательный крейсер и 3 вооруженных траулера.
Проблемой оставалось недостаточно эффективное наступательное вооружение: вспомогательный крейсер, 24 транспорта, 1 танкер и 3 мелких судна оказались лишь повреждены. Выдержали удары «кондоров» и смогли остаться на плаву танкер «Коранда» (7503 т), транспорты «Суссекс» (11603 т), «Оронси» (20043 т) и другие. Но не все они дошли до портов: 26 октября 1940 г. самый большой английский транспорт, мобилизованный лайнер «Эмпресс оф Бритн» водоизмещением 42438 т, был атакован лейтенантом Берхардом Хопе западнее залива Донегол-Бей (Ирландия). Горящее судно остановилось, но радиограмму Хопе принял командир субмарины U-32 Йениш, который и добил эту самую крупную мишень за всю войну.
Верхняя установка Fw 19 с пулеметом MG 15 (точка «А») и нижняя с пушкой MG FF — точка «D» на самолете FW 200С-3 «Кондор»
На следующий день, 27 октября, «Кондор» впервые атаковал не одиночную цель, а конвой, повредив транспорт «Альфред Джонс». Экипаж доложил, что самолет может эффективно уклоняться от зенитного огня, и командование эскадры решило, что пора выходить на большую охоту. В ответ в Исландии появились английские самолеты, а на транспортах стали ставить зенитки, и к концу 1940 г. эскадра потеряла 10 «кондоров», четыре из которых было сбито истребителями, два — зенитками противника и один — своими по ошибке, еще два FW 200 пропали без вести.
В конце августа 1940 г. эскадра KG 40 выполнила первые налеты на английские города Ливерпуль, Биркенхед и Глазго. Экипажи попытались летать с увеличенной до 2 т нагрузкой (по две фугасные бомбы SC 500 и SC 250 плюс две зажигательные Flamm 250), но вылеты группами до 3-х машин все равно были менее эффективны, чем массированные налеты Не 111, и участие FW 200 в Битве за Англию завершилось в ночь на 29 ноября. В наступавшем 1941 году эскадра получила приказ блокировать снабжение Великобритании морем.
Неудача в Битве за Англию побудила Гитлера отказаться от продолжения бомбардировок в пользу морской блокады. Геринг терял былой авторитет, в фавор вошел командующий подводным флотом Дениц, и 6 января ряд частей и соединений Люфтваффе, в т.ч. и эскадру KG 40, передали в подчинение морякам, создав оперативное командование «Атлантика», которое возглавил оберст-лейтенант Харлингхазен.
Верхняя турель Fw 19 самолета FW 200С «Кондор» с крупнокалиберным пулеметом MG 131
Заводу в Бремене в 1940 г. поручили увеличить выпуск истребителей, а сборку FW 200 передали в Котбус, подключив к выпуску отдельных агрегатов другие фирмы. Новая модификация FW 200С-3 получила усиленные фюзеляж и крыло, были переделаны мотогондолы, на борту появились дополнительная KB-рация, радиопеленгатор, позволявший определять направление на радиостанции противника, радиовысотомер, система слепой посадки и ответчик «свой-чужой». Под внешними мотогондолами и под консолями крыла установили более грузоподъемные бомбодержатели PVC 1006L, а в «ванне» под фюзеляжем наряду с кассетами под мелкие бомбы — пару замков ETC 500/IX, с которыми максимальная нагрузка достигла 5400 кг при частичной заправке. На месте старой установки «А» за кабиной летчиков появилась турель Fw 19 с круговым обстрелом, еще два пулемета MG 15 поставили в окнах фюзеляжа, а носовую точку «D» заняла новая пушка MG 151/20. Места летчиков и стрелков прикрыли броней. Всего было построено 52 таких самолета, часть из них получили дальнейшие заводские доработки, обозначенные литерой U.
Главным отличием FW 200C-3/U1 и U4 стала возможность подвески торпеды. Семь таких машин поступило на вооружение группы II/KG 40, их экипажи обучались в Италии на полигоне Гросетто до апреля 1942 г., но с торпедами так и не летали. Фактически преимуществом комплекта U-1 остался только увеличенный запас топлива, a U-4 — гидравлическая турель HDL 151 с пушкой MG 151/20 в позиции «А», такое же орудие ставили и в носовой точке «D». Мощь огня увеличилась, но скорость упала на 25-30 км/ч. Комплект U2 предусматривал установку бомбардировочного прицела Lotfe 7D вместо Revi, с которым среднее отклонение при сбросе бомб с высоты 3000-4000 м уменьшилось до 20-30 м. На FW 200C-3/U2 вернулись к установке компактной верхней башни Fw 19, а в точке «D» из-за нехватки места под новый прицел пришлось поставить крупнокалиберный пулемет MG 131. На FW 200C-3/U3 появились пулеметы MG 131 и на позиции «А» в электрической турели EDL 131, и в стандартной задней установке «В». С такой техникой эскадра KG 40 вступила в новый 1941 год.

Самолет FW 200С «Кондор» после боевого вылета, лето 1941 г. Предположительно это FVV 200C-3/U2 G8+AB. Werk. Nr. 0043, который 18 июля 1941 г. будет сбит
Девятого февраля подводная лодка U-37 увидела суда, вышедшие из Гибралтара. Они не пошли как обычно — большим крюком на запад, обходя опасные воды у французского побережья, а сразу повернули на север. Командир U-37 сделал все, что смог — потопил два транспорта и постоянно сообщал координаты и курс конвоя H.G. 53 в штаб, нахально следуя за ним на расстоянии прямой видимости. Но в Лориэне не оказалось ни одной лодки, готовой выйти в море, и тогда на перехват поднялись пять FW 2000-3, ведомые командиром II/KG 40 гауптманом Ф. Флигелем. Благодаря постоянной связи с U 37, они четко вышли на конвой и снизились до бреющего. Флигель с дистанции 400 м первым атаковал четырьмя SC 250 и обстрелял загоревшийся транспорт. Шедший за ним Хопе в первом заходе сбросил две бомбы, затем вернулся и атаковал другую цель, добившись 100% попаданий! Обер-лейтенант Шлоссер попал дважды. Экипаж обер-лейтенанта Бухгольца видел только близкие разрывы своих бомб у борта транспорта, но тому хватило и этого. И только новичок лейтенант Э. Адам, делавший первый боевой вылет на FW 200, промазал и попал под зенитки шлюпа «Дептфорд» и транспорта «Вантеллис». На горящем FW 200С-2 он дошел до португальского берега, приводнившись без жертв на борту.
В тот день FW 200 потопили английские транспорты «Варна» (1541 т), «Британник» (2490 т) и «Джайра» (1759 т), датский «Дагмар I» (2471 т) и норвежский «Тейо» (967 т). Девять кораблей охранения ничего не смогли сделать, конвой распался, и, воспользовавшись этим, субмарина U 37 потопила свой третий транспорт, еще один попался на прицел тяжелому крейсеру «Хиппер».
Морской патрульный бомбардировшик FW 200С «Кондор» борт G8+GH — предположительно самолет FW 200C-3/U4 Werk.Nr. 0074 из эскадры KG 40, который погибнет в катастрофе 05.09.41 г.
Теперь панический крик дозорных «Внимание, «Кондор»!» означал для моряков крайнюю степень опасности — и это был пик славы эскадры KG 40. В январе 1941 г. «кондоры» пустили на дно 16 транспортов, 2 танкера и корвет, еще 4 транспорта были повреждены. В следующем месяце число потопленных судов достигло 26-ти, а поврежденных — 12-ти, сама же KG 40 за эти месяцы потеряла только шесть FW 200, из которых сбито было три, два разбились по вине экипажей и один пропал без вести.
Очередная попытка расширить «ареал обитания кондоров» состоялась 26 августа 1941 г., когда по личному приказу Геринга из состава I/KG 40 было выделено 6 боевых и 2 транспортных FW 200 для операций на Средиземном море. Из них сформировали спецкоманду Suez Ekdo, задачей которой была блокада Суэцкого канала. Она была размещена на аэродроме Элевсис в районе Афин и оперативно подчинена командованию X авиакорпуса Люфтваффе. Первую атаку выполнил 3 сентября экипаж майора Майра. В Красном море он нашел одиночный транспорт «Сити оф Окленд» и с высоты 60 м уложил в него три бомбы калибра 250 кг. Это застало англичан врасплох, и они не успели открыть зенитный огонь. Пятого сентября пытались бомбить Порт-Саид, но безрезультатно, при этом один FW 200 был потерян по неустановленной причине.
Еще в 1941 г. на FW 200 пытались ставить радиолокационные станции «Атлас» и «Нептун», но они пока были весьма несовершенны и выпускались штучно. Только в феврале 1942 г. на первых самолетах модификации FW 200С-4 появилась серийная РЛС FuG 200 «Росток» с широким полем обзора и дальностью обнаружения транспорта до 60 км. Но минимальная дальность видения у нее была лишь 5 км, и пока самолет выходил на боевой курс, бомбардир часто терял цель. Локатор FuG 203 «Хохентвиль» имел узкое поле обзора, но контакт с целью сохранялся до дистанции 1,5 км, а максимальная дальность обнаружения судна с высоты 1000 м достигала 100 км, В позиции «А» снова была смонтирована турель HDL151 с пушкой MG 121/20. В точке «D» при установке прицела «Лотфе» ставили пулемет MG 131, а если самолет комплектовался старым «Реви» — пушку MG 151/20.
Первый FW 200С-4 сдали в феврале 1942 г., и до конца года их выпустили 84 штуки. Наряду с KG 40 самолеты этого типа пошли в бомбардировочную группу II/KG100 и в разведывательные эскадрильи. Возможности поиска целей стали существенно шире. Именно FW 200С из 3/KG 40 первым обнаружил шедший в Мурманск конвой P.Q. 17, который потом подвергался непрерывным атакам авиации и подлодок и понес тяжелейшие потери.